《黑暗弥撒亚》舞台背景设置都是原创，由于新作仍是以“魔法门”世界为基础，时间轴定于《魔法门5》20年后，故事发生在一个叫做阿沙恩(Ashan)的神秘大陆，这是一个黑暗、残酷且不被宽恕的世界，在这里曾有过一段血腥的历史以及威胁着Ashan世界的末日语言：黑暗的弥撒亚。玩家在游戏中扮演的是一位名叫萨雷斯(Sareth)的魔师学徒，为了能从强大的“黑暗弥撒亚”手中拯救世界，萨雷斯不断的学习魔法和战斗技艺等训练。